Можно поставить интонационное тире: Ложка - она и есть ложка.
Да, нужны: Атомная подводная лодка "К-3" — экспонат музея.
Слова вода и водка исторически родственны, но сейчас их вряд ли можно признать однокоренными, значение слова водка невозможно истолковать через значение слова вода. Приведем статью из этимологического словаря Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой.
Во́дка. Искон. Суф. производное от вода. Первоначальное значение «спиртовой лекарственный настой» (на травах). Значение «водка», очевидно, возникло у этого слова под влиянием польск. wódka — свободной кальки лат. aqua vita «алкоголь» (буквально — «вода жизни»).
Название класса корректно написать с прописной буквы.
Правильно: разливается.
Да, такое прилагательное есть – ложечный.
Правильно.
К настоящему времени этот оборот получил широкое распространение, поэтому писать его следует без кавычек.