Верны оба варианта.
Слово Кубань (и как название реки, и как название региона) во всех случаях пишется с прописной буквы.
Вы следует писать с большой буквы, если это личное письмо и автор хочет подчеркнуть уважительное обращение: Иван Сергеевич, милый друг, зачем мы с Вами ели эти подозрительные грибы? Если это фрагмент из художественного текста, необходима строчная буква.
Нет, нельзя.
Запятую ставить не нужно.