Оба варианта верны.
Верно: с генералом, убитым.
Если смысл предложения в том, что сведения выявлены и влекут риски, то верно: Сведения о критичных нарушениях, выявленных в ходе проверок и влекущих риски.
Предпочтительный вариант: в ходе проверки выявлен ряд недочетов.