Корректно строчными: почетный профессор Московского университета Иванов. Ср.: звание «Почетный профессор Московского университета».
Правила правописания не регламентируют случай постановки двух и более вопросительных знаков подряд. Такое написание - ошибка.
Запятая не ставится. Как следует в знач. 'так, как нужно; хорошо' не требует постановки знаков препинания.
Само по себе слово одновременно не требует постановки знаков препинания. Пунктуация зависит от строя конкретного предложения.
Очевидно, что в договоре допущены пунктуационные ошибки. Расстановка знаков препинания в этом виде противоречит здравому смыслу.
Смысл этой части предложения не вполне ясен, поэтому мы затрудняемся дать рекомендации о постановке знаков препинания.
Слова около церкви выделяются, если носят уточняющий характер. Решение о постановке знаков препинания принимает автор текста.
На месте трех вопросительных знаков ставится запятая. В конце предложения вместо вопросительного знака нужно поставить точку.
Ваш вариант пунктуации корректен. Не забудьте поставить пробелы после знаков препинания и точку в конце предложения.
Воинское звание обычно ставится непосредственно перед фамилией, например: директор ООО «Рога и копыта» генерал армии Иванов.
