Правильно: резанный на куски батон.
Запрета на такое употребление нет.
В диссертации А. М. Соколовой «Моноаминергическая система в жгутиковых клетках древних многоклеточных животных на примере губок (тип Porifera)» то и дело встречаются: микровилли, микровиллей, микровиллям, микровиллями, микровиллях.
Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).
В этом предложении запятая нужна (поскольку во второй части есть подлежащее он).
