Правильно: Слава городу-герою Москве!
Возможен вариант с двумя тире: Главный герой – Евгений Базаров – учится на доктора.
Как сказал герой — вводная конструкция, указывающая на источник сообщения. Вводные конструкции выделяются запятыми.
Правильно: фильмы Георгия Данелии.
Возможно как слитное, так и раздельное написание. При слитном написании утверждается неуместность, при раздельном – подчеркивается отрицание (отрицается уместность).
Корректно: святая гора Афон, Святая гора.
В таких неполных безглагольных предложениях, обычно выступающих в роли заголовка, тире ставится.
Поскольку это два разных учреждения, верен первый вариант.
Вот что об этом сказано в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша».