Если так передается официальное название министерства, то правильно написание с прописной буквы; если нет, то нужно писать со строчной.
Предложенный Вами вариант корректен.
Предпочтительно: что и сделал полковник, возвратившись домой, немало озадаченный таким оборотом дел.
Если имеются в виду фотодокументация, фонодокументация и видеодокументация, то следует использовать висячий дефис: описи дел аудиовизуальной (фото-, фоно-, видео-), научно-технической и другой документации.
Ваш вопрос слишком объемный, чтобы ответить на него в режиме «Справочного бюро». Пожалуйста, воспользуйтесь справочниками (например, Д. Э. Розенталя или В. В. Лопатина).
Не всегда. Постановка запятой зависит от синтаксического строя предложения.
Пунктуация зависит от строя предложения.
