Строго правильно: включи́т. Ударение на первом слоге в настоящее время признается допустимым.
Оба ударения правильны: кулина́рия и кулинари́я. Но ударение кулина́рия постепенно уходит из языка, сейчас оно отмечается в словарях как допустимая старшая норма.
Пунктуация корректна.
Если имеется в виду, что решили отказаться от обработки, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработки... (отказе от обработки).
Если имеется в виду, что после отказа от «клише» решили обрабатывать документы в центральном офисе путем перехода на «чек» и электронные реестры, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработке... (решение об обработке).
Тире лучше поставить: Лечение проводят 22 медицинских центра, из которых 10 – в Москве, два – в Обнинске и два – в Уфе.
Верное написание: в отсутствие (=при отсутствии).
Да, нужно.
Оба сочетания не требуют запятых. Предложение оформлено верно (только не хватает точки в конце).
Правильно: в конце 19-го - начале 20-го в.