Да и сейчас называют — присоединительная конструкция, которая выделяется запятыми с двух сторон: Черной магой в селах на Донбассе называли, да и сейчас называют, черную монашескую мантию. 

Эти прилагательные характеризуют грунт с разных сторон — со стороны устойчивости к промерзанию и к замачиванию водой соответственно. Следовательно, это неоднородные определения, между которыми не нужна запятая. 

Правильно: с окончанием срока действия договоров подряда (у договоров подряда один и тот же срок действия) и с окончанием сроков действия договоров подряда (сроки действия договоров разные).

Между однородными сказуемыми находится придаточное предложение что не желает оскорблять ушей учёного немца, которое выделяется запятыми с двух сторон. Запятая перед союзом и закрывает это придаточное предложение.

В этом предложении можно выделить с двух сторон обстоятельственный оборот при рассмотрении заявления в соответствии с ФЗ и проверке представленных документов (он находится между подлежащим и сказуемым).

Возможны оба варианта. Определения можно рассматривать как неоднородные, потому что они характеризуют предмет с разных сторон. Однако они могут стать однородными, если вместе выражают значение 'красивые', 'правильно спроектированные'.

Однако в начале предложения является союзом и не требует постановки знаков препинания. В приведенном Вами примере слова в соответствии с выпиской ЕГРП могут выделяться запятыми с двух сторон.

Написание зависит от смысла. Если слово неопасно можно легко заменить на спокойно, безопасно, то следует писать слитно. Если подчеркивается отсутствие опасности (происходит отрицание признака), то следует писать раздельно.

Ряд определений перед словом оборудование характеризует предмет с разных сторон, а такие определения неоднородны, запятая между ними не ставится: Это и новейшее автоматическое термометрическое оборудование, и геофизические исследования.