Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Во всех трех предложениях запятая не нужна. Союз ли... или не является повторяющимся. Если этим союзом соединены однородные члены, то запятая перед или не ставится. Слово нет в первом и третьем предложениях замещает позицию сказуемых, однородных предшествующим: Он проверял, соответствует ли название содержимому или нет (= не соответствует); Я размышляла, пойти ли мне на праздник или нет (= не пойти). 

Слово осмыслять содержится в толковых словарях в статье глагола осмыслить. Ответ на вопрос об оформлении разных видов прямой речи опубликован под номером 326227.

Слово неотгрузка следует писать слитно. Легко представить контекст, в котором перед этим существительным стоит определение или предлог (получить сообщение о неотгрузке). Наличие этих слов является признаком того, что не с существительным образует единое слово.

Употребление не правильно, предложение корректно.

Правило, на которое Вы ссылаетесь, следует признать неполным. Написание ранее не судимый корректно и закономерно преобладает в практике письма. Наречие времени так же, как и существительное в тв. падеже со значением деятеля, актуализирует глагольные признаки слова, значит перед нами причастие, которое с не нужно писать раздельно. В орфографических словарях сочетание ранее не судимый не приводится, над дополнением правил об отрицании орфографисты работают.