Вы вправе поставить в данном случае интонационное тире (т. е. подчеркивающее интонационно-логическую паузу), однако жесткой необходимости в знаке препинания здесь нет.

Корректно с запятой: вернулся раньше, чем ожидали. Здеь сравнивается реальное время возвращения с ожидаемым. 

В научной статье лучше выбрать форму Великолуцкий уезд, соответствующую старому произношению (такое написание принято, например, в БРЭ). В материале для широкого читателя предпочтителен тот же вариант, но стоит указать в сноске при первом упоминании, что современная форма прилагательного от Великие Луки — великолукский.

В этом случае применяется правило о постановке тире в сложносочиненном предложении, вторая часть которого заключает в себе значение результата, следствия. См. параграф 114 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В теории сложного предложения не говорится прямо, но подразумевается по умолчанию, что это явление моносубъектной речи. Суть сложного предложения в том, что говорящий (один и тот же!) или вынужден, или предпочитает выразить свою мысль не одним, а двумя (или более) простыми предложениями, грамматически связанными между собой при помощи специальных средств связи (ср.: Маша была довольна приездом брата. — Маша была довольна тем, что приехал брат).

В конструкции же с прямой речью соединяется речь двух субъектов: говорящего и того лица, чьи слова он передает. Никаких специальных средств связи, свойственных сложному предложению, в конструкции с прямой речью нет и быть не может. Прямая речь присоединяется к так называемым словам автора механически и отделяется от них интонационно и пунктуационно. Поэтому конструкция с прямой речью не образует сложного предложения, и поэтому говорят, что прямая речь осложняет простое предложение. Это далеко не удачная формулировка, но лучше пока никто не придумал.

Ваш тезис верный, но не исчерпывающий. Действительно, если сочетание фиксируется словарем без кавычек, это достаточное основание для написания без кавычек.