Запятые не нужны.
Обороты с предлогом несмотря на обычно обособляются, поэтому верно: Ноги мои неистово болели от ходьбы, и я чувствовал, что, несмотря на полученную чудесную обувь, ступни все равно истерлись почти до мозолей.
Корректны второй и третий варианты (в значениях "когда я садился" и "когда я сел" соответственно).
Постановка двоеточия избыточна.
Верно: Я был на озере Байкал. Названия озер не склоняются в сочетании с родовым словом озеро. Исключение составляют случаи, когда топоним выражен прилагательным: на Онежском озере.
Запятая после в заключение не нужна.
Пунктуационное оформление предложения корректно.
В Морфемно-орфографическом словаре А. Н. Тихонова приставка в этом слове не выделяется.
Корректно: Я живу в микрорайоне Университетский-2.
