Запятая нужна.
Наличие частицы (только) перед подчинительным союзом (когда) не служит основанием для пропуска запятой (см., например, параграф 115 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), поэтому верно: О маминой находке на Олиной одежде он узнал, только когда сестра постучала к нему в комнату.
Фраза построена неудачно. Лучше использовать деепричастный оборот: исследуя цвета и линии...
Верно: (Имя) посмотрел на экран телефона: как он и думал, звонил начальник из штаба. В бессоюзном сложном предложении ставится двоеточие, поскольку между частями можно добавить сочетание и увидел, что. Как он и думал — вводное предложение, указывающее на источник информации. Если начальник действительно находился в штабе, предлог из правильный.
Запятая перед что не требуется.
Запятая нужна: что такое пуля – придаточное предложение, оно отделяется от главного запятой.
Запятая ставится.
Верно: братьев Бонапартов.