Можно использовать первые два варианта.
Сами по себе слова к тому же не обособляются. Но выделяются запятыми присоединительные обороты, начинающиеся этим союзом, например: Я не смогу выполнить это поручение: времени очень мало, к тому же я не умею делать два дела сразу.
Да, это равноправные варианты.
Значит нужно переформулировать фразу или закрыть скобки иначе.
Повторять предлог не требуется.
Правильно: «финансово-экономическое обоснование (чего?) проекта закона».
В данном случае так же как и — союз. Знаки препинания расставлены верно.
Если нет необходимости подчеркнуть, что исполнителей было много, то нужно выбрать форму ед. числа, например: 39 проектов подготовлены к защите в пяти институтах и 39 проектов подготовлено к защите.
Верно: звонить - кому? - вам (без предлога). Смысл фразы звонить как себе домой не совсем ясен.
Лучше писать без тире.
