Пунктуационных ошибок в предложении нет, но знаки расставлены неудачно с точки зрения смысла: образуется нелогичный перечислительный ряд пришла, счастье, радость. Чтобы избежать этого, нужно поставить после пришла другой знак. Это может быть точка, как универсальный разделительный знак (Вот и пятница пришла. Счастье, радость принесла!), или тире, как знак следования ситуаций друг за другом (Вот и пятница пришла — счастье, радость принесла!).

По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.

Не зная контекста, дать однозначный ответ затруднительно. В целом более логичным представляется вариант «формировать отчеты по запросу»: статус прямого дополнения, безусловно, выше. Однако если, например, перечисляются должностные обязанности сотрудника, в которые входит формирование разных документов как по распоряжению начальства, так и по запросам от разных инстанций, причем в случае запроса из некой другой инстанции формируются такие документы, которые во внутреннем документообороте учреждения не используются, то вполне осмысленным может оказаться вариант, скажем, «формировать по запросу Министерства руководящих указаний отчеты о количестве перебитых стаканов» и т. п.

Фразеологическое сочетание как за каменной стеной в этом предложении аналогично по функции со словом категории состояния, сравним: Со мной комфортно, безопасно и т. д. В таких предложениях знаки препинания не требуются, но для акцентирования паузы можно поставить интонационное тире. 

Если предлог по используется при обозначении действия, события, после которого что-либо совершается, происходит и т. п., то он по-прежнему употребляется с существительными в предложном падеже: по окончании, по прибытии, по прилете, по приезде. Другие варианты неверны.

Верно: с более чем ста институтами.

Русское словесное ударение

Вариантные формы прошедшего времени разда́л и ро́здал не различаются по значению. Вы можете выбрать любой из этих вариантов, но нужно принять во внимание, что ро́здал— старшая норма, то есть вариант классический, традиционный, но постепенно уходящий из языка.

По общему правилу род аббревиатуры в начальный период ее образования и использования в литературном языке определяется по роду опорного слова полного наименования. Поэтому сейчас предпочтительно употреблять аббревиатуру ТОС как слово среднего рода: ТОС «Мирный» продолжило...

А вот дальше возможны варианты. Ведь род звуковой инициальной аббревиатуры зависит не только от рода опорного слова, но и от внешнего фонетического облика аббревиатуры, точнее – от ее концовки. Если аббревиатура оканчивается на согласный, то она очень часто со временем закрепляется как аббревиатура мужского рода. Например, в современном русском языке только мужского рода аббревиатуры вуз (хотя заведение), МИД (хотя министерство), загс (хотя запись). Это явление присуще многим аббревиатурам широкого и длительного употребления. Очень вероятно, со временем ТОС тоже будет восприниматься как слово мужского рода.

Корректно беспредложное управление: министр... Чеченской Республики.

Запятая не требуется, но может ставиться факультативно по условиям контекста (для проведения дополнительных "границ" между оборотом и последующей и предшествующей частью предложения).