Устойчивый оборот – невооружённым глазом 'без помощи оптического прибора; без особых усилий, сразу с первого взгляда'. Невооружённым взглядом – некорректно.
Наверняка – наречие, не требующее постановки знаков препинания. Правда, необходимо отметить, что в ряде словарей русского языка наверняка рассматривается как вводное в значении «конечно, разумеется»: Он, наверняка, опоздает. Однако примеры из художественной литературы показывают, что слово наверняка и в этом значении обычно не выделяется знаками препинания.
Правильно: имеет место. Выражение имеет место быть неграмотное.
Верно: мелю (размалываю) кофе.
В некоторых случаях такое сочетание возможно. Нужен контекст.
Возможен и склоняемый, и несклоняемый вариант.
Прилагательное рунный сотносится по смыслу только со словом руно.
Корректно: к мосту.
Оба ударения возможны.