Запятая нужна: она закрывает придаточное что они отсутствуют; обстоятельство до открытия коробки относится к сказуемому было видно.
Запятая не нужна. Обороты с производными (непервообразными) предлогами, в том числе с предлогом в связи с, в начале предложения обычно не требуют обособления. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Знаки препинания расставлены правильно.
Обороты структуры начиная с (чего-либо) и заканчивая (чем-либо) не кодифицированы справочниками по пунктуации, однако для постановки сразу двух знаков нет оснований. Рекомендуемый вариант: Начиная с первого и заканчивая последним курсом — все они были на своих занятиях.
Для ответа на такой вопрос требуется проведение лингвистической экспертизы.
В начале предложения после сочинительного союза перед вводным словом запятая обычно не ставится: И может быть, сейчас ты с другим.
В контексте первой части, представляющей собой предложение с подчеркнутым отрицанием (ни одного), верно раздельное написание прилагательного: не ясны.
Второй вариант, конечно, правильнее.
Сравнительные обороты, начинающиеся союзом как, выделяются, если в основной части предложения имеются указательные слова так, такой, тот, столь. См. § 88 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Это слово еще не попало в нормативные словари, но можно предположить предпочтительное написание через дефис: кей-поп (по аналогии со словами брит-поп, техно-поп и др.)