Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.
Запятая ставится.
Запятая стоит правильно.
Самой реки, а точнее ручья, не было видно.
Запятая нужна.
Падежную форму (в этом случае — родительного падежа) определяем по существительному, с которым количественное числительное согласуется.
Поставленная запятая нужна.
Пунктуация корректна.
Оба варианта возможны.
Эти слова функционируют в русском языке только как имена собственные (наименования различных организаций, как свидетельствуют поисковые системы).