Запятая нужна, она закрывает присоединительную конструкцию.

В этом случае между двумя частями предложения нужен знак препинания, потому что они не объединены вопросительной интонацией (то есть случай отличается от приводимых в справочниках примеров типа Где будет собрание и кто его председатель?). Первое из них повествовательное, оно может быть оформлено с помощью знака конца предложения, как иногда и делают, например: Ну сообщат они... И что дальше? Если требуется объединить два простых предложения в одно сложное, рекомендуем поставить между ними тире как знак неожиданного присоединения: Ну сообщат они — и что дальше?

Верно: нижняя палата парламента, верхняя палата парламента. Эти сочетания не являются официальными названиями органов власти в РФ, все слова в них пишутся со строчной буквы.

Корректно: проведен соответствующий инструктаж всех причастных.

Дефис в данном случае невозможен, так как приложением является двусловное наименование (Modbus Slave). Корректно: устройство Modbus Slave.

Наименование программ корректно писать с прописной буквы: Обучение осуществляется по программам «Цирковое искусство», «Религиоведение».

Знаки препинания расставлены правильно. Других не требуется.

Действительно, в некоторых словах историческая приставка с- (со-) в современном русском языке может не выделяться, если утрачена структурно-смысловая связь с родственными словами без этой приставки. Так, А. Н. Тихонов в своем «Морфемно-орфографическом словаре» не выделяет приставку в словах созерцание, созерцать, так как в русском языке нет глагола зерцать, глагол созерцать непроизводный. Но в том же словаре выделена приставка в словах сотворение, сотворить, так как последнее образуется от глагола творить. Иной подход к морфемному членению слов, учитывающий ощущаемые носителями языка исторические смысловые связи, позволяет выделить приставку и в слове созерцать (см., например, ресурс «Портрет слова» на сайте Национального корпуса русского языка или «Орфографическое комментирование русского словаря»). На нашем портале морфемный состав многих слов показан в конце статей «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. И в заключение заметим, что приставка с- (со-) имеет разные значения, они описываются в толковых словарях. Наиболее подробное словарное описание можно прочитать в «Большом академическом словаре русского языка». 

Верно:
С уважением,
директор Иванов
См. «Письмовник». Названия должностей (кроме высших государственных) пишутся с маленькой буквы.

Поскольку у этого высказывания возможна двоякая интерпретация, то по-разному (в зависимости от интерпретации) следует характеризовать и слово что.