Предпочтительно: контроль за исполнением.
Второе сочетание верно. См. также в Словаре трудностей.
О контроле можно прочесть в Словаре трудностей.
См. в Словаре трудностей.
Правильно в этом примере: контроль за/над.
См. в Словаре трудностей.
Предпочтительно (но не строго): контроль за обучением. Фраза "Занятия проводить в соответствии с... принятием зачетов по окончании обучения" некорректна. Запятая здесь не требуется.
Все три варианта возможны, предпочтительно: контроль за реализацией.
Запятая не ставится.
См. в «Словаре трудностей».