Вне всякого сомнения, лучше всего обсуждать конкретные примеры, а не общую дилемму, основания которой совсем не очевидны.

Род аббревиатур и несклоняемых сложносокращённых слов определяется по опорному слову в полном наименовании. Поскольку в данном случае определить это полное наименование (то есть «расшифровать» сокращение) затруднительно, род слова определяется или по его внешней форме, или в соответствии с родом более общего по значению слова. В первом случае слово Краснодартеплоэнерго будет выступать как слово среднего рода (оканчивается на -о). Во втором случае определяющим может быть женский род слова компания. Тем самым слово может испытывать колебания в родовой отнесенности. Ср. примеры из Национального корпуса русского языка: Таким образом, Краснодартеплоэнерго недополучило почти 62 миллиона…; «Краснодартеплоэнерго» известна тем, что среди ее совладельцев значится…

Название Ростов Великий было придумано в середине XIX века (в древности город называли просто Ростов) и получило распространение благодаря трудам историка-краеведа Андрея Александровича Титова. В работах Титова поначалу использовалось написание Ростов-Великий, однако впоследствии прочно закрепилось написание без дефиса. Можно предполагать, что на это повлияло стремление уподобить это название наименованиям Великий Новгород, Великий Устюг с одновременной синтаксической стилизацией под древнерусский язык, где постпозитивные определения употреблялись гораздо чаще, чем сейчас. Современное написание следует сложившейся традиции. Его правомерно считать исключением из правил дефисного написания топонимов. (Ср. ситуацию с наименованием Струги-Красные: орфографическая норма требует написания через дефис, но в современной практике письма абсолютно преобладает раздельное написание; оно же зафиксировано как официальное.)

В разговорной речи несклоняемые наименования самых разных изделий наследуют родовые признаки тех опорных слов, какие говорящие выбирают и называют (или подразумевают) в каждом конкретном случае. Несклоняемые наименования автомобилей могут употребляться как существительные женского рода (как слово автомашина), мужского рода (как слово автомобиль).