Да, можно.
Правильно: возле устьев рек.
Правилен второй вариант.
Правильно: Занятия проводятся в НОУ «Санкт-Петербургский центр электросвязи». Заключаемое в кавычки название, не сочетающееся синтаксически с родовым словом (НОУ), не склоняется.
Правильно: МИД направил ноту.
Правильно, как Вы верно указываете, на берегу. В русском языке есть несколько существительных второго склонения с таким окончанием в предложном падеже со значением места. Ср.: о береге - на берегу, о носе - в носу, о саде - в саду. Падеж один и тот же, окончания (в зависимости от значения падежа) - разные.
Такой оборот неудачен.
Оба варианта верны. Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, Токио может употребляться и как существительное мужского рода, и как существительное среднего рода.
Запятая нужна.