Корректно: Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 — подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон», расположенного в Гагаринском районе города Севастополя; Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 (подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон»), расположенной в Гагаринском районе города Севастополя.

Точка ставится как знак сокращения: Она прожила в городе М. всю свою жизнь (где М. заменяет реальное название города, начинающееся на ту жу букву, например Москва). Но: Она прожила в городе N всю свою жизнь (где N — условное наименование).

Мягкий знак после шипящих у существительных 3-го склонения пишется исключительно по традиции. Лингвисты неоднократно говорили о том, что отмена такого написания стала бы шагом вперед в нашей орфографии, и не раз предлагали писать мыш, ноч (например, такое предложение рассматривала Орфографическая комиссия, созданная в 1904 году при Отделении русского языка и словесности Академии наук), но эту идею не удалось реализовать ни во время реформы 1917–18, ни позднее. Стремление сохранить знакомый облик слова всегда оказывалось сильнее.

Сочетание словарные слова широко употребляется в школьной практике, оно зафиксировано, например, в «Школьном лингвистическом словаре» А. М. Лемова и некоторых других источниках. Так что ошибочным его считать не следует. Под словарными словами понимают слова, написание которых не подчиняется какому-либо орфографическому правилу, вследствие чего такие слова нужно запоминать или справляться об их правописании в орфографическом словаре.

Прямая речь достаточно автономна по отношению к словам автора, чтобы не применять к этому случаю правило об общей части бессоюзного сложного предложения. Запятая перед и внутри прямой речи нужна.

Эта запятая закрывает придаточную часть как блестела рожь вдоль дорог.

В общем-то логично, что в древнерусских летописях не было буквы Ё :) Да и после 19-го века эта буква употреблялась непоследовательно. Вероятно, авторы статьи правы насчет исконного произношения с Е. Более того, произношение других наименований на -озерск (Белозерск, Приозерск, Гусиноозерск, Шелтозерский район) заставляет усомниться в справедливости словарной рекомендации.

Более правильный вариант: Арбитражный суд города Москвы в составе судьи Ивановой И. И. в порядке взаимозаменяемости с судьёй Петровой П. П., рассмотрев заявление... Иначе получается, что судья Петрова П. П. взаимозаменяема сама с собой.

Предпочтительно (но не обязательно): не открывая глаз.