Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.
Указанная запятая нужна.
Запятая после выбери нужна. Она ставится на границе частей сложноподчиненного предложения (между главной и придаточной частью).
Правильно: И именно поэтому всё, что бы ты сегодня ни увидел, должно оставаться в тайне.
Слово макаров, используемое в разговорной речи в значении 'пистолет Макарова', пишется строчными.
Тире не требуется.
Корректно: Отдай, что обрел ты, — и бедным не будешь.
