Запятая нужна.
Обстоятельственные обороты с разрешения (кого-либо, чего-либо, чьего-либо) могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Таким образом, запятая после слова разрешения факультативна, решение о ее постановке/непостановке принимает автор текста.
Ваше замечание справедливо. Запятую надо было поставить.
Нет, никакие другие знаки препинания, кроме точки в конце, в этом предложении не нужны. Можно (но вовсе не обязательно) поставить интонационное тире после уже.
Деепричастный оборот обособляется по основному правилу: А выходить в открытое море стоит, уже обладая определенными навыками.
Прописные буквы не нужны.
К сожалению, мы не выполняем домашние задания.
Приведенный вариант пунктуации верен.
Корректно: Та, что есть, нас, во всяком случае Российскую Федерацию, не устраивает.
Запятая факультативна.