В предложении два варианта постановки знаков препинания, но деепричастный оборот в обоих случаях следует обособить:
1) Туристы (...) замерли в восхищении, затаив дыхание (деепричастный оборот не находится непосредственно после глагола, позиция обстоятельства образа действия занята сочетанием в восхищении);
2) Туристы (...) замерли, в восхищении затаив дыхание (деепричастный оборот называет дополнительное действие).

Само по себе слово непременно не требует постановки знаков препинания.

В данном случае пунктуация зависит от строя предложения. Если непременно относится к глаголу и выступает в роли обстоятельства (Я непременно вернусь туда), то запятая не нужна. Если это сложное предложение ("Ты думаешь вернуться?" — "Непременно, я вернусь туда".), то запятая ставится между его частями.

А впоследствии - союз и наречие, постановка знаков препинания не требуется.

Вводные слова (может быть, значит) не отделяются запятой от предшествующего сочинительного союза (а), если при этом вводное слово нельзя изъять из состава предложения. В противном случае запятая ставится.

Слова а значит могут также выступать в роли союза, запятая между ними не ставится.

Ваш вариант постановки знаков соответствует правилам, но с коммуникативной точки зрения вызывает вопросы разрыв прямой речи перед несогласованным определением с крышей, относящимся к существительному дом. Рекомендуется контактная позиция этого определения: «Построй нам дом с крышей, — просили они, — и дай нам тень и прохладу в лето и в зиму тепло».

Знаки препинания в схемах предложений с прямой речью Вы ставите правильно. Кроме справочников Д. Э. Розенталя, Вы можете сослаться на «Правила орфографии и пунктуации» 1956 г. и полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина. Хотя в тексте правил порядок знаков не оговаривается, примеры однозначно показывают, в каком порядке должны стоять кавычки и другие знаки.

Слишком много знаков. Корректны такие варианты пунктуационного оформления: Это чучело, вернее, его образ художник привез из музея. Это чучело, вернее его образ, художник привез из музея. Это чучело, вернее – его образ, художник привез из музея. Подробнее об оформлении оборотов со словами вернее, точнее см. в «Справочнике по пунктуации» (пункт 2, примечание 3).

На Ваш вопрос нельзя дать короткий ответ. Союз потому что может использоваться по-разному: он может расчленяться и не расчленяться, он может начинать одну придаточную часть и стоять в начале двух однородных придаточных частей сложноподчиненного предложения. Описывая все разнообразие ситуаций, придется перечислить практически все правила постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении, поэтому мы рекомендуем Вам обратиться к правилам. 

В оформлении этого предложения действительно возможны варианты. Сам по себе сравнительный оборот с сочетанием почти как не нужно выделять запятыми (пункт д) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), поэтому вариант без знаков препинания является основным. Этот сравнительный оборот, однако, можно интерпретировать как уточнение к темно, а потому вариант с запятой также корректен.