Так можно назвать буквы, для которых нет проверочных слов в современном языке, но которые можно проверить, если обратиться к этимологии слова. Например, для первой гласной в слове колесо проверочного слова в современном русском языке нет, но известно, что колесо восходит к древнему коло – круг. Буква о в корне слова колесо этимологически проверяемая.
Задание сформулировано корректно.
Писать слова панель управления с большой буквы нет оснований.
Верен первый вариант.
В школьных тетрадях точку после этого заглавия принято ставить.
Да, в данном контексте выражение "красные флаги" нужно заключать в кавычки, так как это выражение используется в переносном смысле.
Правильно: панель управления хостингом. Родительного падежа (управление чего) это слово требует, если оно имеет значение 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.', например: управление железной дороги, управление финансов.
Как правило, различают передний и непередний ряд гласных. Каким образом вы их нумеруете?
Необходимости заключать это сочетание в кавычки нет.
По правилам названия отделов и частей учреждений и организаций пишутся со строчной буквы. См. § 193 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.