Имя следует склонять, верен первый вариант.
В этом случае лучше написать так: Выражаем благодарность индивидуальному предпринимателю А. А. Иванову.
Запятая не ставится.
Фундаментальная "Православная энциклопедия" фиксирует вариант с запятой.
Правилен первый вариант.
Частица бы здесь не нужна: несмотря на то, что человека уже нет на этом свете, 60 лет со дня его рождения все равно исполнится (так же как исполнится и 100 лет со дня рождения, и 200 лет со дня рождения, и 500 лет со дня рождения). Частица бы употребляется, когда об ушедшем человеке говорят, что в этот день ему исполнилось бы 60 лет.
Правильно: со встречей. Предлог СО используется вместо предлога С в тех случаях, когда произнесение предлога без гласной фонетически затруднено. Например, при стечении согласных в начале слова.
Правильно: отправить письмо ИП (индивидуальному предпринимателю) Иванову И. И.
Предпочтителен предлог с: сталкиваемся с ртутью.
