Оба варианта возможны.
Корректны оба варианта (Иван с группой вернулся и Иван с группой вернулись), при этом форма множественного числа глагола подчеркивает, что действие совершается всеми названными субъектами (и Иван вернулся, и группа вернулась), а единственное — что субъектом действия является только существительное в именительном падаже (Иван), а существительное в творительном падеже (с группой) обозначает лицо, сопутствующее производителю действия (вернулся Иван, но важно и то, что он вернулся вместе с группой).
В указанных случаях ставится запятая.
Лучше всего поставить запятую.
Правильно: за все месяцы.
Предложение составлено верно, однако носит несколько книжный характер.
Правильно: по истечении.
Корректно без запятой.
В словарях русских фразеологизмов зафиксировано лишь сочетание беречь/хранить как зеницу ока. Очевидно, в Вашем случае — обычный сравнительный оборот, требующий выделения запятыми.
Возможны оба варианта. См. также: Какой падеж нужен при отрицании?
