Дело в том, что формы в Домодедове, Митине, Бибиреве, Сколкове отнюдь не новые, а, наоборот, старые, отвечающие строгой литературной норме. Склоняемый вариант изначально был единственно правильным, несклоняемый (в Домодедово, Митино, Бибирево, Сколково) распространился относительно недавно и пришел из речи военных и географов (возник он как раз потому, что  очень важно было давать названия в исходной форме, чтобы не было путаницы: Иванов или Иваново). В современном русском языке, действительно, допустимы оба варианта: старый (в Домодедове, в Иванове, в Бирюлеве) и новый (в Домодедово, в Иваново, в Бирюлево); если же топоним употребляется с родовым словом (город, село, район и т. п.), он не склоняется: в городе Иваново, в районе Бирюлево.

1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».

2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».

Скучаю (а также грущу, тоскую и т. п.) по вас – старая норма; по вам – новая. Прежние лингвистические издания рекомендовали как нормативные только тосковать, скучать по вас, по нас. Сегодня эти варианты конкурируют, что находит отражение и в справочниках.

Употребляются варианты Гагра и Гагры (второй вариант отражен в названии известного фильма «Зимний вечер в Гаграх»). Но словарями русского языка зафиксировано: Гагра, такое же название употребляется в картографических изданиях Росреестра. Это склоняемое существительное: поехать в Гагру, отдыхать в Гагре, сказочная Гагра.

Согласно толковому словарю, глагол стучаться имеет значения «ударяться, стукаться обо что-либо» и «ударять (в дверь, окно и т. п.), стуком выражая просьбу впустить куда-л. или вызвать хозяев». 

Значение «сильно биться, пульсировать» есть только у глагола стучать. Поэтому, действительно, верно: сердца стучат.

Скорее, речь о стилистической погрешности. Обстоятельство со значением условия при покупке (при условии покупки, в случае покупки) привычнее соотносить по смыслу с подлежащим, обозначающим лицо, способное данное условие выполнить (то есть "купить"). Здесь же оно соотносится с грамматической основой: посылка прибудет... при покупке. Лучше: Посылка из четырех или более книг... прибудет в подарочном сундучке; При покупке четырех или более книг вы получите посылку в подарочном сундучке; Если вы купите четыре книги или более... посылка прибудет в подарочном сундучке.

И второе - пунктуационное. Слова из этого раздела при первом прочтении фразы могут быть соотнесены читателем с последующей частью предложения ("из этого раздела посылка прибудет в сундучке"), поэтому желательно поставить запятую после этих слов.

Нет, происхождение этого слова иное. Слово кропотливый 'усердный, старательный до мелочей' образовано от не сохранившегося в современном русском языке глагола кропотать 'хлопотать, заботиться, суетиться, возиться; ворчать, брюзжать, сердиться'. Это слово восходит к индоевропейской основе, оно родственно, например, латинскому crepo 'бряцать, трещать, твердить'.

Наконец может выступать как в функции вводного слова, так и в функции наречия. Подробнее см. "Справочник по пунктуации".

Форма слова задачи в этих случаях не зависит от числительного. Она зависит от того, идет речь о примерах одной задачи или нескольких.