Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

1. Наречие заново не является обобщающим словом для сочинительного сочетания обстоятельств через наш сайт или приложение, а значит, двоеточие здесь не нужно. Возможны варианты либо без знака препинания, либо с тире, отделяющим пояснительную конструкция: Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново через наш сайт или приложение; Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново — через наш сайт или приложение.

2. Знаки препинания расставлены корректно.

3. Рекомендуем разбить предложение на два самостоятельных: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно. Пожалуйста, оцените, насколько вы готовы порекомендовать нас. Как вариант, можно внести редакторскую правку, например: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно: насколько вы готовы порекомендовать нас? Пожалуйста, оцените!

В практике письма конструкции данного строения, включающие наречие очень, оформляются двояко, без отчетливого преобладания одного из вариантов; ср. примеры из современной прессы: …Коронавирус очень опасный противник [Парламентская газета, 2020], Лихорадка Марбург — очень редкая болезнь [Парламентская газета, 2021]. По правилам тире не ставится, «если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит вводное слово, обстоятельство или дополнение, а также союз или частица». Эта формулировка, как и иллюстрирующие ее примеры, не позволяют однозначно определить, относятся ли сюда случаи, когда обстоятельство-наречие зависит от прилагательного, входящего в группу сказуемого. Кроме того, постановка тире возможна при акцентировании паузы перед составом сказуемого. В силу указанных обстоятельств можно считать, что членение предложения с помощью тире в подобных случаях остается на усмотрение пишущего.

Сочетание и ещё в начале предложения часто используется как наречие со значением 'дополнительно, вдобавок' и сигнализирует о переходе к другой мысли: Я не знаю, хорошо это или плохо... Это моя форма существования. И ещё я люблю бывать дома. Токарева (Р. П. Рогожникова. Словарь сочетаний, эквивалентных слову. М., 2003. С. 168) — в этом случае оно не требует постановки знаков препинания. Но это сочетание может представлять собой высказывание, произносимое с интонацией законченности и имеющее значение 'И ещё я скажу вот что'. В этом случае уместно оформить его как самостоятельное предложение либо как часть бессоюзного сложного предложения с двоеточием, выражающим изъяснительные отношения: И ещё. Не надо писать в эту группу; И ещё: не надо писать в эту группу.

Корень благополуч- в слове благополучно выделяют сторонники структурно-семантического подхода в словообразовании. При этом подходе структура производного слова определяется на основе его семантических связей в современном языке. Значение слова благополучие (от которого образовано прилагательное благополучный, производящее для наречия благополучно) ― ‘cпокойное и счастливое состояние, существование; жизнь в достатке’. Поскольку прямых семантических связей этого слова со словами благой и получение отсутствуют, слово считается непроизводным, а все непроизводные слова, по мнению представителей этого направления, являются нечленимыми.  

С диахронической точки зрения существительное благополучие образовано от двух слов (благая полука; значение ― ‘хорошая судьба, хороший случай’) и имеет два корня, первый из которых очевиден для современного носителя языка, а второй ― нет, так как он связан с утраченным глаголом лучити ‘получать назначенное судьбой’.

Слово комильфо — заимствованное из французского языка устойчивое выражение, которое исходно имеет значение (букв.) ‘как надо, как следует’. Практически сразу оно начало употребляться в роли прилагательного и наречия (синонимы — приличный, прилично, пристойный, пристойно и т. п.). Как многие оценочные прилагательные, оно быстро начало использоваться и как существительное, дающее оценку человеку в целом. Именно в этом значении мы встречаем его, например, в автобиографической трилогии Л. Н. Толстого, оно же зафиксировано и в словарной статье.

В приведенном вами предложении слово использовано тоже как существительное, но в значении опредмеченного качества: со всеми необходимыми в подобных случаях приличиями. Такое употребление слова комильфо нельзя признать безукоризненным, это очевидная вольность. Но ничем иным, кроме как существительным, это слово в данном предложении признано быть не может, потому что только существительное обладает способностью подчинять себе определения (всем необходимым).

Постановка знаков препинания зависит от временно́й точки отсчета для наречия ранее. Сравним контексты: Это странное письмо я получил в январе. Ранее в январе я собирался начать работу над статьей, но обстоятельства вынудили меня отложить все дела (обе временны́е точки находятся в пределах января) и В феврале я выступил на двух конференциях. Ранее, в январе, я собирался начать работу над статьей, но обстоятельства вынудили меня отложить все дела (вторая временна́я точка находится за пределами января).

Подобные пары контекстов приведены в параграфе 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Впереди на дороге толпились люди (т. е. в передней части дороги). — Впереди, на дороге, толпились люди (т. е. сама дорога находилась впереди); Далеко в лесу раздавались удары топора (слушатель находится в лесу). — Далеко, в лесу, раздавались удары топора (слушатель находится вне леса).

В гражданской дореформенной печати омега не использовалась (она не была включена Петром I в реформированный им алфавит). Поэтому можно говорить только о правилах употребления омеги в нормализованной церковнославянской орфографии. Омега здесь употребляется в греческих заимствованиях в соответствии с греческой омегой (канωнъ), в предлогах и приставках (ω, ωбъ, ωчистити), на конце наречий и некоторых союзов и частиц (ранω, оубω), в окончаниях форм родительного падежа, в том числе для их отличия от омонимичных форм винительного падежа или омонимичных начальных форм (рабωвъ; егω — род. ед., но его — вин. ед.; плωдъ — род. мн., но плодъ — им. ед.), в окончаниях форм дательного множественного для их отличия от форм творительного единственного (оученикωмъ — дат. мн., оученикомъ — тв. ед.) и некоторых других случаях.

«Объяснительный русский орфографический словарь-справочник» (Ин-т русского языка им. В. В. Виноградова РАН; Е. В. Бешенкова и др. М., 2015) сообщает о сочетании (в)глубь следующее:

вглубь 1) пишется слитно как наречие от существительного (глубь), принадлежащего к закрытому ряду слов с простран­ственным или временным значением (распростра­ниться вглубь и вширь, проблему не решили, а загнали вглубь); 2) закрепившееся слитное написа­ние предлога (зверь забился вглубь норы).

◊ Не путать с сочетанием предлога и существительного, управляющего другим существительным, напр.: в глубь океана; в глубь веков; в глубь души; вникать в глубь, в суть проблемы; в глубь времён; вышел из распахнутых в глубь дома дверей. Поскольку в современном языке дан­ный предлог находится еще в стадии формирования, то разница между сочетанием с предлогом вглубь дома и сочетанием существительных в глубь океана трудно уловима, поэтому в данных сочетаниях вполне возможно вариативное написание. (Статья приведена с некоторыми сокращениями.)

Это зависит от выражаемого смысла и соответствующих интонационных различий.

1. Если смысл сводится к утверждению того, что некто не отсутствовал, а именно был (находился, присутствовал...) в известном месте, то интонационно выделяется глагол: Он БЫЛ здесь. Противоположным по смыслу к этому варианту будет предложение Он отсутствовал, Его здесь не было. В таком случае сказуемое простое глагольное — был. Здесь является в этом случае обстоятельством.
2. Если смысл сводится к информации о местонахождении кого-либо в известное время, то интонационно выделяется наречие: Он был ЗДЕСЬ. В настоящем времени это же предложение звучит как Он здесь. Отрицанием этого варианта будет предложение Он был не здесь (а за углом). Эту конструкцию использует, кстати, персонаж Н. Михалкова в фильме «Вокзал для двоих»: — Меня ищешь? А я вооон там! В этом случае сказуемое составное именное: был — формальная связка, здесь — именной компонент.