Вам помогут следующие справочники: Гиляревский Р. С., Старостин Б. А. Иностранные имена и названия в русском тексте. — 3-е изд., испр. и доп. — М.: Высшая школа, 1985; Практическая транскрипция фамильно-именных групп / Под ред. Р. С. Гиляревского. — М.: Физматлит, 2004.
Минздрав и Минтруд – существительные мужского рода. Аббревиатура МВД употребляется как существительное среднего рода (влияние опорного слова министерство), аббревиатура ФМС – как существительное женского рода (влияние опорного слова служба).
При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, принимает форму родительного падежа множественного числа: два горячих кофе.
В ударной позиции букве О в русском языке соответствует звук [о] - огубленный гласный непереднего ряда среднего подъема; букве А соответствует звук [а] - гласный нижнего подъема.
Верно: Вам точно известно, каким образом был украден кофе?
В устной разговорной речи допустим вариант, когда кофе используется как существительное среднего рода: ...каким образом было украдено кофе?
Верно написание со строчной: Было принято решение созвать церковный собор. Слово собор в значении 'собрание высшего христианского духовенства' всегда пишется со строчной буквы, словосочетание церковный собор не является названием уникального мероприятия и тоже пишется со строчной буквы.
При согласовании с существительным женского рода корректно: две групповые тренировки и две групповых тренировки. При согласовании с существительным мужского или среднего рода: два групповых занятия, два групповых урока.
При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, принимает форму родительного падежа множественного числа: четыре основных направления деятельности.
Форма две сочетается со словами женского рода: две девочки, две деревни, две диссертации. Со словами мужского и среднего рода сочетается форма два: два мужчины, два портрета, два яблока.
«Древнее образование Ра» – не приставка и не корень, а плод фантазии людей, не имеющих никакого отношения к науке о языке и плохо знающих его историю. Подробнее см. здесь.