Слово республика при употреблении вне полного названия государства пишется со строчной: Недавно нашу республику посетили с официальным визитом...

При обращении к одному лицу корректно написание с прописной (большой) буквы.

Существительное Интернет пишется с прописной (большой) буквы. Сложные слова с первой частью интернет-... пишутся строчными буквами.

При употреблении в качестве торговой марки названия лекарственных средств следует писать с прописной буквы в кавычках: «Агри», «Инфлювак», «Афлубин», «Фервекс»,  а в бытовом употреблении – со строчной буквы без кавычек, например: выпить фервекс, принять виагру. Также пишутся со строчной буквы без кавычек некоторые названия лекарств, вошедшие в широкий обиход вследствие многолетнего употребления (валидол, анальгин, аспирин).

В церковно-религиозных и религиозно-философских текстах в названиях православных церквей все слова названия, кроме предлогов, действительно пишутся с прописной буквы. Однако в обычных текстах написание подчиняется общим орфографическим правилам: в названиях конфессий с прописной буквы пишется первое слово. Верно: Русская православная церковь, Армянская апостольская церковь, Римско-католическая церковь и пр.

Как название исторической эпохи - Новейшее время (с прописной буквы).

Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы противоречит орфографической норме русского языка. Если в таком виде название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания приходится придерживаться. Однако в прочих текстах (например, в газетной статье, посвященной деятельности организации) следует руководствоваться правилами правописания.

С прописной буквы пишутся все слова (кроме служебных) в официальных названиях существующих государств и государственных объединений. Государства Российская империя в настоящее время не существует, это исторический термин, поэтому с прописной пишется только первое слово. Ср.: Королевство Испания, Соединенное Королевство (официальные названия современных государств), но: Французское королевство, Неаполитанское королевство (исторические названия); Республика Кипр, Итальянская Республика, но: Венецианская республика, Новгородская республика. Правильно: Российская империя (а также Римская империя, Османская империя, Британская империя и т. п.).

Верно: С уважением, генеральный директор.

Лингвистические словари фиксируют написание Вооруженные силы РФ, однако в официальных документах принято написание с прописной буквы всех слов в этом сочетании. Вариант Вооруженные Силы Российской Федерации зафиксирован, например, в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» (этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации).