1. Написание зависит от типа подразделения. Например, в названиях институтов, входящих в состав университета, первое слово пишут с прописной, а название кафедр, отделов – со строчной. 

2. Положение инициалов по отношению к фамилии в некоторых случаях регламентируется. Например, в соответствии с ГОСТ Р 6.30–2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» при адресовании документа должностному лицу его инициалы указывают перед фамилией; при адресовании документа физическому лицу указывают сначала фамилию, потом инициалы; в грифе утверждения документа инициалы ставятся перед фамилией. Новый стандарт (ГОСТ Р 7.0.97–2016 «Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов»), который подготовлен взамен ГОСТ Р 6.30–2003 и будет введен в действие 01.07.2018, содержит в некоторых случаях иные рекомендации.

Запятыми выделено обстоятельство. Для смыслового выделения или для попутного пояснения могут обособляться обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей (обычно с предлогами), особенно если при этих существительных имеются пояснительные слова: С приближением неприятеля к Москве, взгляд москвичей на своё положение не только не сделался серьёзнее, но, напротив, ещё легкомысленнее (Л. Т.) — смысловая нагрузка обособленного оборота в начале предложения усиливается в связи с тем, что к временному значению добавляется уступительное (взгляд москвичей становился легкомысленнее не только тогда, когда неприятель приближался к Москве, но и вопреки тому, что он приближался); Петя, после полученного им решительного отказа, ушёл в свою комнату и там, запершись от всех, горько плакал (Л. Т.) — совмещены два значения обособленного оборота — временное и причинное (ушел и горько плакал не только после того, как получил отказ, но и потому, что получил его). 

Верно: назначить ответственными Иванова - начальника участка и Петрова - начальника участка.

Склонять названия с родовым словом макрорегион не нужно: в макрорегионе «Москва», макрорегиону «Дальний Восток».

Группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом, верны оба приведенных Вами варианта: по-жа-луй-ста и по-жа-луйс-та. Что касается места слогораздела на стыке согласных, здесь возможны разные решения, единых строгих правил слогоделения нет. По принятым в сонорной теории Р. И. Аванесова закономерностям на стыке звука [j] и любого согласного [j] отходит к предыдущему слогу, а согласный — к последующему, то есть в нашем случае предпочтителен вариант по-жа-луй-ста.

1. Допустимо, но между фамилией и инициалом имени пробел обязателен.

2. Да.

3. Как канцеляризм - возможно.

4. Нужно.

Такое значение указано в «Большом толковом словаре», толковом словаре С. И. Ожегова и других.

Предлог в результате имеет значение 'вследствие чего-либо, из-за чего-либо'. Основное значение существительного результат – 'то, что получено в завершение какой-либо деятельности, работы; итог', поэтому сочетание по результатам означает 'по итогам'. Можно сказать: пострадал в результате неосторожности (т. е. из-за неосторожности), но нельзя сказать *пострадал по результатам неосторожности. Можно сказать: о последствиях этого решения можно будет судить по результатам первого полугодия, но нельзя сказать: *о последствиях этого решения можно будет судить в результате первого полугодия. Однако в некоторых случаях эти конструкции могут быть взаимозаменяемы.