Выбор вариант зависит от реальной ситуации: 1. В связи с непрохождением Ивановым А. И. проверки знаний контролера; 2. В связи с непрохождением контролером Ивановым А. И. проверки знаний...
Форма фамилии Данелия в дательном падеже: Данелии.
Запятая не нужна: сравнительный оборот здесь играет роль обстоятельства образа действия (сравним: звучит бредово).
Тире возможны, если пишущий хочет отразить на письме особую выделительную интонацию, с которой должна быть произнесена фамилия автора.
Вторая запятая нужна: она закрывает определительный (причастный) оборот. См. пункт 1 параграфа 46 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Корректно: как в городах, так и в селах и поселках. Обратите внимание, что повторять предлог в третий раз нет необходимости.
Вторая запятая не требуется: В третьем, окончательном чтении...
Запятая нужна (закрывает пояснительный оборот).
Запятая перед тире нужна. Придаточное предложение что у него осталось выделяется запятыми с обеих сторон.