Если приводится дословная цитата из текста Д. Писарева, то оформляется она именно так, как Вы оформили. Пунктуация при цитатах в справочниках обычно описывается отдельно от пунктуации при прямой речи, хотя эти явления очень близки друг другу. В научной литературе применительно к тому и к другому может использоваться термин чужая речь.
Однотипность строения частей этого сложного предложения не оставляет сомнений в том, что в каждой из них своё обстоятельство места: в первой — за поворотом реки, во второй — за рекой. Части не объединены каким-либо общим элементом, поэтому запятая нужна: Пароход громко свистит за поворотом реки, да петухи орут за рекой.
Поскольку речь идет о вымышленных государствах, о мирах, созданных воображением писателя, окончательное решение об орфографическом оформлении таких названий следует оставить за автором текста. В его представлении это «официальные» названия государств или образные (ср.: Страна утренней свежести, Страна кленового листа)? От ответа на этот вопрос будет зависеть написание названия.
Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.
Правильно, как Вы верно указываете, на берегу. В русском языке есть несколько существительных второго склонения с таким окончанием в предложном падеже со значением места. Ср.: о береге - на берегу, о носе - в носу, о саде - в саду. Падеж один и тот же, окончания (в зависимости от значения падежа) - разные.
«Не секрет» в данном контексте означает «это всем известно» или «это общеизвестный факт». В русском языке существует устойчивое сочетание «не секрет, что...», которое употребляется для введения общеизвестной информации. Пропуск союза весьма характерен для разговорной речи и, на наш взгляд, не создает трудностей для понимания текста.
Если однородным членам предложения не предшествует обобщающее слово (словосочетание), то перед ними двоеточие ставится только в том случае, когда необходимо предупредить читателя, что дальше следует перечисление. Как правило, если обобщающего слова нет, то решение о том, ставить ли двоеточие, принимает автор текста, ориентируясь на интонацию. То есть в данном случае однозначного ответа нет.
Правило о написании местоимения Вы с прописной буквы при обращении к одному лицу не является строго обязательным. Оно применяется по желанию пишущего: если автор текста хочет подчеркнуть уважительное отношение к человеку, он пишет Вы с прописной. Но и написание со строчной вполне возможно: обращение к человеку на вы само по себе является уважительным.
Очевидно, речь идет об оформлении примечания переводчика. Примечания могут располагаться внутри текста (иней. – Прим. пер.) или внизу страницы. Подстрочные примечания, даже состоящие из одного слова, оформляются как предложения: начинаются с большой буквы и в конце ставится точка. Как правило, ведущее слово в примечании стоит в форме именительного падежа. После знака сноски ставится пробел.
Ответ на этот вопрос зависит от стиля текста. Поскольку такое употребление слова пузырь носит разговорный оттенок, то можно сказать, что чем более строг и серьезен текст, тем более уместны кавычки: они покажут, что это слово из обиходного употребления, и помогут обратить на него внимание тех читателей, которые пока с таким значением не знакомы.