Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

Да, местоименное слово что в значении «который» может использоваться в придаточных определительных предложениях, относящихся к одушевленным существительным, например: Александр Романов, офицер, что был у вас дома и рассказывал о Фоме, снова арестован и сидит у нас... [Даниил Гранин. Зубр (1987)]; Соседка, что жила напротив и приходила поздно, горячилась больше всех [Юрий Трифонов. Дом на набережной (1976)]. Как и перед любым придаточным, запятая перед ним нужна.

См. также ответ на вопрос 315841.

Да, это сочетание плеонастично, т. к. привилегия — исключительное право пользования чем-либо, предоставляемое кому-либо в отличие от других. Тем не менее сочетание это встречается и в публицистике, и в художественной речи, ср.: Валерия рассуждала с такой убежденностью, точно ей была дана исключительная привилегия знать и объяснять, что делается на небесах (М. Н. Волконский. Гамлет XVIII века. 1903); Но создание новой культуры — исключительная привилегия Советской власти, ленинской национальной политики («Химия и жизнь». 1969).

Теоретически Вы правы: пишущий вправе не вкладывать в определительный оборот дополнительное обстоятельственное значение. Например: Скошенная с утра, трава к полудню уже сухо шуршала под ногами (Трава к полудню уже сухо шуршала под ногами, поскольку уже с утра была скошена) — Скошенная с утра трава к полудню уже сухо шуршала под ногами (Какая-то трава к полудню уже сухо шуршала под ногами). Однако в приведенном Вами примере отсутствие причинного значения у оборота делает высказывание довольно нелепым. 

В научной литературе на русском языке глубоко укоренена традиция не отбивать пробелом буквосочетание об. от номера листа: л. 15об. Между тем в правилах библиографического оформления такой способ обозначения номера листа архивного дела не обнаруживается. Напротив, в ГОСТ Р 7.0.5–2008 «Библиографическая ссылка. Общие требования и правила составления» находим среди примеров: Л. 18–19 об. Традиция и норма здесь противоречат друг другу. Автор или редактор решает, что ему ближе.

Наличие или отсутствие слова большим никак не влияет на пунктуацию. В обоих случаях возможны варианты с запятой и без запятой. Запятая нужна, если оборот написанная мелким почерком имеет дополнительное обстоятельственное значение причины: рукопись читалась с (большим) трудом, потому что была написана мелким почерком (при чтении после почерком делается пауза): Написанная мелким почерком, рукопись читалась с трудом. Написанная мелким почерком, рукопись читалась с большим трудом. Если такого оттенка значения нет и паузы после слова почерком нет, запятая не нужна.

Обратимся к "Проверке слова" на нашем портале:

ФАВОРИТ¹ м.

1. Любимец влиятельного или высокопоставленного лица, имеющий благодаря этому какие-л. выгоды. // разг. Тот, кому отдают предпочтение перед другими; любимец, любимчик.
   
2. Любовник государыни или иной высокопоставленной дамы, влияющий на государственные или общественные дела.
   
   
   ФАВОРИТ² м.
3. Лошадь, которая - по общему мнению - имеет наибольшие шансы на первенство, на которую на бегах ставит большинство.
   
4. Сторона, имеющая - по мнению публики - наибольшие шансы на выигрыш в различного рода играх и состязаниях.

Запятые в этом предложении не нужны. К несчастью используется здесь не в роли вводного слова, а в роли члена предложения: никто не остался равнодушен (к чему?) к несчастью Пелагеи.

Если поставить запятую, т. е. рассматривать слова к несчастью Пелагеи как вводные, то получится весьма странный смысл: Пелагея была несчастна из-за того, что никто в деревне не остался равнодушен (к какому-то неназванному событию), т. е. она предпочла бы полное равнодушие жителей деревни (к тому самому неназванному событию).