Верен первый вариант.
Поможем. Что непонятно с разбором?
И слитное, и раздельное написание верно.
Мы бы убрали запятую после "времени".
Да, такой вариант, безусловно, лучше.
Корректная пунктуация: В связи с этим, ввиду отсутствия Положения о Почетной грамоте и Благодарственном письме администрации Тюменского муниципального района, утвержденного постановлением главы Тюменского муниципального района, на официальном сайте администрации Тюменского муниципального района, необходимо предоставить в срок не позднее 05.04.2013 в прокуратуру района копию Положения о Почетной грамоте и Благодарственном письме администрации Тюменского муниципального района, утвержденного постановлением главы Тюменского муниципального района.
Запятая перед и нужна. По желанию автора ее можно заменить на тире.
Правильно: выводы вполне обоснованны (краткое прилагательное), сочинение было написано в срок (краткое причастие).
Правильно: Большой срок, не правда ли?
Если нет слова включительно, толковать эту фразу можно и так и так.