Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.

Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.

Правильно: вызовы, вызовов.

Учительница права в том, что детей нужно учить сокращать слова. Но в то же время нужно учить пользоваться общеупотребительными графическими сокращениями, знать принципы сокращения слов. Так, приведенный Вами пример сокращения явно неудачен: такой способ сокращения, во-первых, не способствует экономии усилий пишущего (сокращение получается ненамного короче полного слова) и усилий читателя; во-вторых, такой способ сокращения в принципе неупотребителен.

Такие предложения не описаны в правилах пунктуации. Полагаем, что запятую ставить не нужно, так как правило об отсутствии запятой в вопросительных сложносочиненных предложениях основано на интонационном принципе: запятая не ставится, так как части объединены вопросительной интонацией. Также объединяются и части в Вашем предложении, отсутствие запятой не будет препятствовать восприятию его структуры и смысла. 

Слово майя имеет два литературных произносительных варианта: ма[ййа], ма[йа].

Корректно: Каждый эксперт выбирает для себя оптимальный вариант и решает самостоятельно, сколько статей и с какой периодичностью будет размещать.

Следует писать с двумя н: с точки зрения нейробиологии обоснованно ли мнение, что...