Это немного другой случай. Здесь подходит следующее правило.

Если в последующей реплике повторяются слова из предыдущей реплики, принадлежащей другому лицу, причем они воспринимаются как чужой текст, то эти слова выделяются кавычками. При этом, насколько можно судить по контексту, говорит здесь не вводное слово, а сказуемое, поэтому запятая не требуется: «Покамест» говорит? Нет, серьезно, "покамест"? Говорит «покамест»?! Он в каком веке остался-то со своим этим «покамест»...

Правило таково: «Перед закрывающей кавычкой не ставятся точка, запятая, точка с запятой, двоеточие, тире; по условиям контекста эти знаки ставятся после кавычки: В газете был напечатан рассказ Бунина «Легкое дыхание»; Рядом с зарницей стоит в одном поэтическом ряду слово «заря» – одно из прекраснейших слов русского языка (Пауст.)» [Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. Люб. изд. § 159, п. 2].

Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.

Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).

Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.

При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.

Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).

Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.

Номера с кодом города принято записывать со скобками: (495) 555-55-55 или (495) 555 55 55. 

Словарь трудностей был издан тогда, когда слово риелтор не имело устоявшегося написания. Сегодня правильно: риелтор, риелторский. Произносится: [риЭлтарский].

Оба варианта возможны.

В данном случае не пишется слитно, т. к. слово вовсе используется в значении 'совершенно, абсолютно'. Не после вовсе следует писать раздельно, если сочетание вовсе не синонимично отнюдь не, напр.: вовсе не бесплодные поиски.   

Корректно (и общеупотребительно): Тебе не холодно? - Нет, не холодно. Вы не знаете? - Нет, не знаю. Вы не пойдете? - Нет, не пойду.