См. в «Непростые слова».
Правильно: по применяемой ставке налогообложения.
О разнице в конструкциях по вопросу (чего?) и по вопросу (о чем?) см. в ответе на вопрос № 311437.
Если это заголовок, то именно такое написание правильно. Правило таково: если название состоит из двух частей, соединенных союзом или, то перед союзом ставится запятая, а первое слово второй части пишется с прописной буквы.
Все формы слов приводятся в "Грамматическом словаре" А. А. Зализняка. В большинстве других словарей принято указывать, кроме начальной формы существительного, также форму родительного падежа единственного числа. Если существительное имеет ударное окончание А, Я во мн. ч. им. п., то это специально оговаривается. Форма на И, Ы считается стандартной, поэтому она обычно не приводится в словарях (именно поэтому там нет формы орехи).
Запятая в этом предложении не нужна.
Нормативно слитное написание.
