Верно написание со строчной: Было принято решение созвать церковный собор. Слово собор в значении 'собрание высшего христианского духовенства' всегда пишется со строчной буквы, словосочетание церковный собор не является названием уникального мероприятия и тоже пишется со строчной буквы.

Обстоятельства медленно и со скрипом невозможно считать уточняемым и уточняющим, поскольку характеристика со скрипом не сужает и не ограничивает характеристику медленно. Между этими обстоятельствами скорее градационные отношения (усиление производимого впечатления), что предполагает однородность: Медленно, со скрипом ключ в замке повернулся.

Такой перенос неудачен. Перенос позволяет экономить место на строке, но здесь экономия неочевидна: в случае со словом урок на строке остается 3 знака (вместе со знаком переноса) вместо четырех, а вот читаемость текста падает значительно (из-за того, что место переноса не совпадает со слогоразделом).

Если слово совсем используется в качестве наречия и означает "вполне", "очень", "действительно", то корректно слитное написание. Раздельно "со всем" пишется в случаях, когда "со" является предлогом, а "всем" — местоимением. Например: "Он согласился со всем". 

Выбор предлога зависит от контекста. Со дня употребляется в значении начальной точки отсчета времени: со дня свадьбы прошло два месяца, также в устойчивом сочетании со дня на день (в значении 'скоро'). Но ср.: выложены фото с дня рождения (нет устойчивого сочетания, нет значения точки отсчета времени).

В приведенных Вами контекстах (то есть не в терминологическом значении 'космос со всеми космическими объектами как единое целое') слово вселенная лучше писать со строчной буквы. Такое написание подчеркнет смысловой сдвиг – употребление слова в нарицательном значении "весь мир художественного произведения или автора". По нашим наблюдениям, в подобном значении преобладает именно написание со строчной буквы.

Правильно строчными: интернет-публикации. Раньше было четкое разделение: Интернет при самостоятельном употреблении – с прописной (доступ к Интернету), интернет- как первая часть сложных слов – со строчной (интернет-сайт). Сейчас и при самостоятельном употреблении возможно написание интернет со строчной: доступ к Интернету и доступ к интернету. Как первая часть сложных слов интернет- по-прежнему пишется только со строчной.

Закрытого списка таких глаголов не существует. П. А. Лекант в связи с этим пишет: «Модальное значение выражается в специализированных формах составного глагольного сказуемого большой группы спрягаемых глаголов. Лексическое значение этих глаголов весьма разнообразно, поэтому попытка сгруппировать… их вряд ли может привести к бесспорным результатам. Такому намерению „мешает“ многозначность глаголов, неопределенность значения некоторых из них, отсутствие четких оснований группировки и наличие переходных случаев» (Лекант П. А. Типы и формы сказуемого в современном русском языке. М., 1976. С. 71).

Наиболее подробный перечень модальных глаголов с примыкающим инфинитивом приведен в старой академической грамматике (Грамматика русского языка. Т. 2. Ч. 1. М., 1960. С. 212–215, 409–414). Глагол обещать определяется здесь в числе прочих как «глагол... в сочетании с инфинитивом получающий оттенок модального значения» (с. 214). Это дает основания видеть в сочетании «обещать + инфинитив» составное глагольное сказуемое.

В первом предложении обстоятельственный оборот с предлогом начиная с уточняет обстоятельство со следующей недели и выделяется запятыми, во втором предложении он находится в начале предложения и не обособляется: 1) Иванов со следующей недели, начиная со вторника, приступил к выполнению обязанностей; 2) Начиная с 1 февраля 2015 года действуют новые тарифы на проезд в городском транспорте.