Деепричастный оборот обособляется по основному правилу: А выходить в открытое море стоит, уже обладая определенными навыками.
Тире уместно.
Сочетание корректно, но важен и контекст.
Неясно, относятся ли слова в центре романа к обеим частям сложного предложения, поэтому ответить, нужно ли ставить запятую, невозможно.
Скорее всего, нет. Приведите, пожалуйста, предложение целиком.
Слово министерство пишется с большой буквы как первое слово официального названия учреждения: Министерство обороны Украины. Если полное официальное название не приводится, правильно написание строчными, например: в министерстве обороны пояснили...
Запятая стоит правильно.
Об этом слове см. в окне «Искать на Грамоте».
Да, сочетание пользуясь случаем обособляется.
Предпочтителен первый вариант.
