Правильно здесь: ни три.
Оба варианта верны, но при существительном женского рода определение в конструкциях с числительными два, три, четыре чаще ставится в форме именительного падежа: три невинные души.
Соответствует правилам такая пунктуация: То, что не стереть, как сильно ни три, — свобода — это то, что у меня внутри! Однако предложение воспринимается плохо, поэтому лучше его перестроить.
Написание надо запомнить. Исторически тре- здесь — это церковнославянская усилительная приставка (восходящая к числительному) трь…
Вот что пишет о ней «Объяснительный русский орфографический словарь-справочник»:
«Данная приставка выделяется, напр., в словах: треволнения, треволненный, трезвон (букв. «звон во все колокола»), треклятый (букв. «многажды клятый»), тресветлый, тресвятой (Тресвятая Богородица); трегубый, трезвучие, трезвучный, трезубец, тренога, треножник, треугольник, треух. Первоначально приставка прилагательных и превосходной степени прилагательных, исторически усилительное значение приставки тре- в некоторых словах сблизилось со значением числительного три (трезвучие – аккорд из трех звуков, трезубец – с тремя зубцами)».
Собирательные числительные не употребляются с существительными женского рода, называющими лиц. Правильно: три дочери.
