Извините. Ответ исправлен.
Пунктуация зависит от смысла. Если слова по сути употребляются в значении по сути говоря, то они являются вводными, запятая нужна: По сути, это капитуляция. Но они могут являться и членом предложения, например: По форме это победа, а по сути это капитуляция. В таком случае запятая не нужна.
Однозначной рекомендации нет. Оборот по сценарию в ряде случаев выделяется как вводный, но часто и не обособляется. Значение оборота также близко к значению вводных слов, указывающих на источник сообщения, но не вполне соответствует этому значению.
Обстоятельство по разным причинам не требует выделения запятыми, но его можно обособить для попутного пояснения или смыслового выделения.
Правильно: ко второй категории, к 2-й категории.
Ко всему прочему - вводное выражение, то же, что «кроме всего прочего, наконец». Выделяется знаками препинания, обычно запятыми.
Людям было неудобно, жарко, ко всему прочему, самого старого, совершенно седого генерала с планкой четырех орденов Красного Знамени и знаком «Почетный чекист» на габардиновом кителе в душновато-спертом, пахнувшем сеном воздухе стодолы сразу же охватило астматическое удушье. В. Богомолов, Момент истины.
В функции членов предложения эти слова не требуют постановки знаков препинания.
Вообще не сообразишь, за каким краем света находишься: ясно только, что вверх ногами ко всему прочему человечеству. М. Веллер, Ножик Сережи Довлатова. Но женщина бывает сострадательна, нежна, честна, справедлива только с тем, кого любит, и безжалостна ко всему прочему. И. Гончаров, Обрыв.
Слова «ко всему прочему» в значении «кроме всего» выделяются знаками препинания непоследовательно, ср.: Но еще ко всему прочему знаете что я подумал перед самым мгновением этим?.. Ю. Герман, Дорогой мой человек.
Запятая нужна.
