Академическая «Русская грамматика» 1980 года предложения такого типа относит к вопросительным. Вот цитата из «Русской грамматики»:

Предложения типа Это ли не счастье? Ему ли не понять этого? открываются местоименным словом, за которым следует частица ли; второй компонент – словоформа с отрицательной частицей. Порядок компонентов закреплен: Я ли ее не любила? Я ли не берегла? (Горьк.); Это ли не чудо великое, это ли не указание? (Бунин); Я ль не робею от синего взгляда? (Есен.); Их ли нам бояться?; Оттуда ли ждать помощи? Такие предложения являются вопросительными лишь по форме: они не предполагают ответа и означают утверждение или отрицание, осложненное экспрессивной оценкой.

Предложение построено верно, частица ли не требуется.

Верно: Поэтому, как говорил Иоанн, "испытывайте духов, от Бога ли они...".

В подобных случаях предложение как вы думаете по значению аналогично вводным словам типа по-вашему. Его уместно выделить запятыми с двух сторон: Если да, то, как вы думаете, присутствует ли комизм ситуации?

Установить, являются ли определения однородными, можно только в контексте. Слова в приведенных парах вне контекста могут быть восприняты как неоднородные, но в художественном тексте они могут сблизиться по значению и оказаться однородными. 

Правильно ли само утверждение? Возможно.

Строго говоря, нормативным следовало бы признать вариант Вряд ли об этом думал молодой врач (см. правила). Но если из контекста неясно, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть, то единственный способ (учитывая, что в предложении нет имени собственного) – написать Вряд ли об этом думала молодая врач.

Запятая не нужна: Мало ли что где написано.

Вы правильно расставили знаки препинания в предложениях. При изменении порядка частей пунктуационное оформление сохранится, сравним: Сегодня мы писали сочинение на тему «Умен ли Чацкий?»; Вопрос, умен ли Чацкий, уже 200 лет встает пред читателями.