Корректно: (специалист) по ремонту квартир.
По смыслу лучше "в квартирах".
Верно: карта с 2000 (читается как с двумя тысячами) баллов.
Правилен первый вариант.
Предпочтителен вариант без предлога: дорожная карта чего-либо (в значении "план действий").
Корректно: к чему привязана банковская карта.
Карту со встроенным чипом обычно называют смарт-картой.
Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.