Переход причастий в прилагательные является одним из видов адъективации.

См. «Словарь-справочник лингвистических терминов» Д. Э. Розенталя и М. А. Теленковой:

«Чаще всего переходят в прилагательные страдательные причастия прошедшего времени (изысканный вкус, молотый кофе), настоящего времени (несклоняемые существительные, невидимая сторона Луны), действительные причастия настоящего времени (блестящие способности, цветущий вид), реже — прошедшего времени (опухшее лицо, раскисшая дорога). Признаком окончательной адъективации может служить изменение ударения; ср.: приближенный (причастие) − приближённый (прилагательное).

Переходят в прилагательные также некоторые местоимения, порядковые числительные. Оратор я никакой, между двумя словами перерыв обеденный (Гранин). А еще первые бойцы улицы считаетесь (Горький)».

Интеллектуальные агенты в грамматическом отношении подобны слову порталы: создавать интеллектуальные агенты и порталы. Склонение неодушевленных существительных мужского рода можно проверить с помощью слов с ударными окончаниями, например стол, лист (бумажный), куст.

Корректно: «Хотя геном, как и всякая информация, антихрупок, сам носитель генома хрупок — и должен быть таковым, чтобы сделать геном сильнее. Мы живем, чтобы производить информацию или улучшать ее. Ницше принадлежит латинская игра слов: aut liberi, aut libri — либо дети, либо книги; и то и другое — информация, которая передается из века в век» (Нассим Николас Талеб. Антихрупкость. Как извлечь выгоду из хаоса).

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

В этом предложении частица находится не между подлежащим и сказуемым, а между словами из группы сказуемого: один стыд. Тире необходимо.

Важно различать синхронный (современный) морфемный и исторический (этимологический) состав слова. Исторически одно слово может быть образовано от другого. Но назвать слова однокоренными в современном русском языке можно только в том случае, если и сейчас оба слова живут в языке, если чувствуется смысловая связь производного и производящего, если мы можем объяснить значение производной основы через значение производящей. Конечно, слова отчаянный, отчаяться восходят к чаять, исторически в них один корень. Но вполне разумной представляется позиция «Морфемно-орфографического словаря», где этот корень на синхронном уровне уже не выделяется: слова чаяние, чаять ушли на периферию литературного языка и почти забыты, в словарях они сопровождаются пометами устар. и прост., для многих носителей языка связь слов отчаянный и чаять неочевидна (т. е. смысловые связи почти разрушены).

Вдохновление - процесс от глагола вдохновлять (дарить вдохновение, воодушевлять). В речи это слово, действительно, используется очень редко. С ним можно составить такой пример употребления: Начальник решил подбодрить уставших работников. Вдохновление на трудовые подвиги продолжалось десять минут.

Нужно поставить точку в конце предложения.