Корректен первый вариант. 

Не ставится запятая в цельных фразеологизированных сочетаниях с повторяющимися союзами и... и, ни... ни (они соединяют слова с противопоставляемыми значениями): и день и ночь, и стар и млад, и смех и горе, и там и сям, и то и се, и туда и сюда, ни два ни полтора, ни дать ни взять, ни сват ни брат, ни взад ни вперед, ни дна ни покрышки и т. д.

Сочетание и сложны, и просты, на наш взгляд, к фразеологизированным не относится.

В зависимости от смысла возможны два варианта пунктуации: До замужества она вела тихую, размеренную и, в общем-то, счастливую жизнь... и До замужества она вела тихую, размеренную и в общем-то счастливую жизнь... Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

В этом предложении рекомендуем не обособлять оборот с предлогом в случае, то есть не ставить запятую перед индикатор. Подробнее читайте в «Справочнике по пунктуации».

Вопрос «В каких случаях ставится запятая после и?» мало чем отличается от вопроса «В каких случаях ставится запятая в предложении?». Знак ставится, если того требует синтаксический строй предложения (например, если после и следует обособляемый оборот, вводное слово, придаточное предложение и т. д.), а сам по себе союз и не требует постановки после себя какого-либо знака препинания.

См. в «Письмовнике»: Единственное и множественное число сказуемого.

Для конструкций типа брат с сестрой допускается постановка сказуемого как в форме множественного, так и в форме единственного числа. Форма множественного числа сказуемого показывает, что действие, обозначаемое сказуемым, в равной мере приписывается всем действующим лицам. Форма единственного числа сказуемого показывает, что обозначаемое сказуемым действие приписывается первому из названных действующих лиц. Однако на наш взгляд в данном случае лучше выбрать форму множественного числа, так как действующих лиц много. В этом случае и обособление оборота вместе с двумя иноками Варлаамом Яцким и Мисаилом Повадиным не нужно. 

Можно было бы подумать, что Замятин выдумал эти слова. Но это не так. Они имеют диалектные корни. Слово рукомесло ‘ремесло’ хорошо известно в диалектах (Словарь русских народных говоров. Т. 35. СПб., 2001. С. 252). Ударение в этом слове на последнем слоге (как и в слове ремесло). Сложнее со словом скробыхалы, обозначающим в тексте вид обуви. В диалектах зафиксированы слова скробать ‘ходить, шаркая ногами’ (ударение на о и на ​​​​​​​а), скроботать ‘производить шум шарканьем ног’ (ударение на последнем слоге), скроботни ‘сапоги из простой кожи’ (ударение на первом слоге), скроботень ‘тот, кто шаркает ногами’ (ударение на первом слоге) (Словарь русских народных говоров. Т. 38. СПб., 2004. С. 145–146). В журнале «Новый мир» (1997, № 10) была опубликована статья А. И. Солженицына о Замятине, где было приведено замятинское слово скробыхалы с ударением на ​​​​​​​ы. Однако такое место ударения, Солженицыным никак не обоснованное, вызывает сомнения. В словаре В. И. Даля приведено слово скробыхать ‘скоблить, драть, чесать, царапать’ с ударением на последнем слоге. Кажется, что замятинские скробыхалы по образованию ближе всего именно к этому глаголу. В таком случае ударение в существительном скробыхалы с большой вероятностью падает на предпоследний слог.

1. В справочниках не сформулировано правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста. Добавим лишь, что если с помощью знака конца предложения (восклицательного, вопросительного знака, многоточия) передается интонация прямой речи, то естественно было бы начать ее с прописной буквы, чтобы представить как законченное предложение: Братья разворачиваются и уходят, и вслед им летит громогласное «Не смейте оставлять нас здесь!». Что касается двоеточия, то оно здесь совершенно точно не нужно.

2. Слово прощай может быть представлено и как нечленимое предложение, сказанное с определенной интонацией, и как слово, поэтому корректны разные варианты его оформления.

3. После тире ставится именно точка, потому что авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. См. подробнее ответ на вопрос № 325744.