Тем не менее - союз или наречное выражение, не является вводным словом.
ТЕМ НЕ МЕНЕЕ, союз и наречное выражение
1. Союз. То же, что «но, однако». Синтаксические конструкции с союзом «тем не менее» выделяются знаками препинания, обычно запятыми.
Хотя письменная отчетность о поступающих в лазарет и возвращающихся в эскадроны лошадях и лежала на мне и барон требовал большого порядка по этой части, тем не менее смотреть за лазаретом не входило в круг моих непременных обязанностей. А. Фет, Семейство Гольц.
2. Наречное выражение. То же, что «все-таки, несмотря на это». Не требует постановки знаков препинания.
Мюллер долго наблюдал за тем, как медленно, еле заметно, но тем не менее неуклонно лучи двигались по комнате. Ю. Семёнов, Экспансия-I. Вместо уроков географии ходит в гости к знакомой кокотке, что тем не менее ничуть не вредит ее образованию. Н. Тэффи, Французский роман. Несмотря на то, что Ягозин был кровным детищем Петербурга, дышал со дня рождения воздухом Невского проспекта и сосал молоко охтенской кормилицы, он весь тем не менее состоял из одной быстроты и юркости. Д. Григорович, Карьерист.
Правильно: в Севастополе и Симферополе (и так понятно, что это города). Если всё-таки нужно употребить родовое слово, можно написать в городах Севастополе и Симферополе, в гг. Севастополе и Симферополе.
Запятые нужны. Не ставится запятая в устойчивых выражениях, состоящих из двух компонентов (например: и день и ночь, и стар и млад, и там и сям).
Верно: действие ультрафиолетового и ультракрасного (инфракрасного?) излучения.
Первый вариант некорректен. Верно: ненавижу и первое, и второе.
Запятые нужны: Посмотрим, в чем дело, и напишем; Узнаем, в чем дело, и скажем.
Верно: Применение педагогически необоснованных и не обеспечивающих высокое качество образования форм, методов обучения и воспитания.
Нет оснований для постановки запятой.
Правильно: и старая, и новая линия; стоят и стоит; как на федеральном, так и на региональном уровне.